Bioinfo Blog!

Sto preparando un piccolo seminario da presentare ai miei nuovi colleghi qui al prbb, sulle buone pratiche da seguire in bioinformatica.

Il laboratorio in cui mi trovo adesso é piuttosto grande, con diverse collaborazioni e un buon numero di ricercatori; una buona parte di essi utilizza il computer per fare calcoli (soprattutto test di genetica di popolazioni e operazioni su grossi files), e molti sanno programmare in perl, python o R.

E’ il tipico laboratorio in fase ‘pro-bioinformatica’: un gruppo che ha lavorato parecchio sui banconi tradizionali, guadagnandosi una buona reputazione, e che adesso ha bisogno di imparare ad usare correttamente gli strumenti messi a disposizione dalla bioinfo.

Per questo motivo, mi é venuto in mente di proporre un seminario per presentare quelli che sono considerati attualmente gli ‘argomenti caldi’ di questo campo: quelli su cui si discute di più sui forum e blog dedicati.

In particolare, vorrei discutere di:

• sistemi di controlli di revisioni, come cvs, svn, git, etc…
• testing di programmi di bioinformatica. Ogni volta che scrivete un programma, per calculare una statistica, scaricare delle sequenze da internet, cambiare formato ad un file, scrivete dei test per dimostrare che il vostro programma funziona correttamente? Avete qualche abitudine  particolare per controllare i vostri scripts?
• automated builds e workflow. Il sistema più tradizionale per coordinare vari scripts, per ricordarsi quali opzioni avete usato per ottenere dei risultati e per poterli ricalcolare correttamente ogni volta che i vostri dati cambiano, é gnu/make. Il quale però non é sempre il massimo, e ci sono delle alternative. Voi cosa usate?
• database e flat file. si potrebbe parlare un poco di moduli ORM, dei vantaggi/svantaggi di un database per salvare i propri dati.
• agile programming: vediamo se riesco a convincere a qualcuno, che lavorare in gruppo é molto meglio!!

Insomma, io credo che nel mio laboratorio in cui mi trovo adesso, questo sia il momento giusto per proporre un talk del genere. Se va bene (mi sembrano molto interessati), forse faremo addirittura delle piccole riunoni, tipo ‘journal club’, ma sulla bioinfo.

Che ve ne pare? Purtroppo, penso che fra poco dovrò iniziare a parlare inglese, anche su questo blog…